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DNA Library Prep Kit

產品介紹

AcegenTM DNA Library Prep Kit是一款通用型、快速化DNA文庫制備試劑盒,適用于所有illumina測序平臺。

簡化的操作步驟、高質量的接頭及極低的PCR擴增偏向性最大程度保證了文庫的多樣性、更低的重復率和更均一的覆蓋度。

廣泛適用于動植物全基因組、微生物基因組、血漿游離DNA、序列捕獲DNA及FFPE等樣本的建庫使用,適合起始量為1ng-1ug 片段化DNA。

產品優勢

1 ng - 1μg 范圍的DNA輸入量, 廣泛適合所有樣本類型, 包括PPPE和cfDNA

極高的文庫產量及質量, 滿足直接測序和靶向富集測序的下游應用

精簡的工作流節省時間,減少操作時間和自動化兼容性,提供試劑盒不同模塊的靈活性

2種文庫制備策略:通用短接頭+標簽引物 / 標簽完整接頭+P5/P7引物

顯著的文庫制備成本優勢

快速建庫流程(兩種建庫策略)


上圖:Acegen文庫制備流程將末端修復、加A和連接接頭反應在一管中操作,顯著降低了操作時間。A/B不同的標簽序列添加策略,滿足不同客戶需求。(A)在接頭連接過程中引入標簽序列;(B)在PCR擴增過程中引入標簽序列。



高效的連接體系



穩定的實驗效果


樣本的最大化利用


訂購信息



注:通用短接頭+標簽引物文庫制備策略

注:通用短接頭+標簽引物文庫制備策略

DNA Library Prep Kit

常見問題

1:艾斯基因DNA文庫制備試劑盒——Illumina平臺,適合那些高通量測序應用領域?

全基因組小片段測序

液相捕獲靶向測序(例如,SeqCap EZ,Agilent SureSelect,Illumina TruSeq,IDT xGenLockdown探針捕獲系統)

擴增子測序

ChIP-Seq測序

2: 使用艾斯基因DNA文庫制備試劑盒——Illumina平臺,適合什么樣本類型及需要多少的輸入量?

1 ng - 1μg片段化的dsDNA, cfDNA和擴增子 

3: DNA使用Covaris打斷DNA樣本的建議有哪些?

推薦Covaris的DNA樣本溶于10 mM Tris-HCl (pH 8 or 8.5) + 1 mMEDTA or 10 mM Tris-HCl (pH 8 or 8.5) + 0.1 mM EDTA; 

千萬不要將待打斷的DNA溶于水

4: 艾斯基因DNA文庫制備試劑盒——Illumina平臺,適合什么類型的接頭及接頭使用濃度?

我們推薦使用艾斯基因通用接頭(Universal Adaptor)和標簽接頭(Indexed Adapter); 其中通用接頭是非完整接頭,需要通過連接產物PCR擴增帶上測序文庫全接頭序列(包括P5,P7及標簽序列); 標簽接頭是完整接頭,本身帶有P5, P7及標簽序列, 可用于PCR-free文庫制備,也可以通過P5/P7 primer mix進行PCR擴增。

艾斯基因DNA文庫制備試劑盒——Illumina平臺,也適用于品牌公司的通用接頭(例如,NEB發夾環結構接頭)和單/雙端標簽接頭(例如,Illumina TruSeq, Roche NimbleGen SeqCap EZ, Agilent SureSelect); 同時, 客戶自制的具有類似結構(TA-連接)的接頭也可以使用, 但有可能會影響文庫制備的效率。

當接頭: 插入片段DNA的摩爾比例在10:1—200:1的條件下, 連接效率都會很高。不同輸入量DNA使用接頭的具體推薦濃度見產品說明書。需要注意的是當輸入量DNA較少的情況下(比如少于25 ng),適當提高接頭濃度有助于提高連接效率和文庫產量;特備是使用艾斯基因通用接頭的情況下,建議提高2-5倍的接頭濃度。

5: 連接反應的純化需要多少次基于磁珠的純化步驟?

艾斯基因DNA文庫制備試劑經過優化,只需要一步磁珠純化即可有效地去除多余接頭及接頭自連產物。如果可能的話, 二次磁珠純化(或者增加片段選擇步驟)有助于去除痕量的多余接頭及接頭自連產物, 特別適合PCR-free文庫制備或者使用標簽接頭的情況。

6: 產品操作說明書支持片段選擇嗎?

如果需要,任何常用的DNA片段大小選擇技術(例如雙邊磁珠或基于電泳的方法)都可以使用,DNA片段大小選擇可以在建庫流程中以下幾個節點進行:DNA片段化之后,末端修復之前; 連接反應純化后;文庫擴增結束后。我們推薦當DNA輸入量大于50 ng的時候進行片段大小選擇;當DNA輸入量小于50 ng的時候,不推薦進行片段大小選擇。基于磁珠方法的片段選擇的具體條件視使用通用接頭(不完整的短接頭)和標簽接頭(完整的長接頭)不同而有所變化,具體根據使用說明書進行。

7: 艾斯基因文庫制備試劑盒中的P5/P7混合引物與所有Illumina文庫制備試劑盒兼容嗎?

P5/P7混合引物基于P5和P7 Illumina測序平臺flow cell序列, 因此適合所有基于完整接頭制備的文庫

8: 文庫擴增環節使用多少PCR循環數較為合適?

如果PCR循環徹底完成(不推薦),單個50 μl文庫擴增反應可以產生4-5 μg的擴增文庫。為了盡量減少過度擴增和滿足下游測序對文庫產量的需求(直接測序還是捕獲富集測序,一般對文庫產量的需要在250 ng – 1.5 μg之間),盡量減少文庫擴增循環數。在標準的使用說明書中給出了不同DNA輸入量需要的擴增循環數,需要注意的是實際需要的擴增循環數與樣本類型、片段化處理等有關,需要適當調整。

9: 如何判斷文庫擴增是否過度?

在文庫擴增反應中, 引物通常比dNTPs更早耗盡。當DNA合成由于引物耗盡而不再發生時,隨后的DNA變性和退火將導致互補DNA鏈的分離和不完全退火, 這可能導致所謂的“daisy chains”或“tangled knots”的形成,產生不恰當的退火的、部分雙鏈,雙鏈DNA和異源雙鏈DNA的復合物, 在擴增文庫電泳分析中,這些產物遷移較慢,產生分子量較高的分子峰。

10: 文庫過度擴增的后果是什么?

過度的文庫擴增可以導致如PCR duplicate偏高, 擴增bias增加, 異源雙鏈形成等,影響最終的文庫測序質量,因此通常會盡可能地限制文庫擴增的程度,同時確保文庫量滿足后續QC和測序。




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