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甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP)

項目介紹

甲基化DNA免疫沉淀測序(Methylated DNA Immunoprecipitation SequencingMeDIP-Seq)是通過5mC特異性抗體富集甲基化的DNA片段,
然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量,快速、高效地尋找甲基化區域。可廣泛應用于甲基化與疾病關系研究。




技術優勢

全基因組范圍鑒定甲基化修飾區域

針對性檢測基因組內具有甲基化修飾的區域

WGBS技術相比,成本更低




科學方案設計

從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析

每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計

及時高效的溝通;以保障高質量研究成果
圖片 1.png

樣本要求:基因組DNA: >= 3ug;樣品濃度>50 ng/ul;無RNA和蛋白污染

建庫測序:測序策略:Illumina HiSeq, PE150;測序深度:20-30M clean reads


信息分析

基于全基因組范圍的甲基化分析,數據質控、PeakCalling, 

Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布

多樣本甲基化差異聚類、差異甲基化DMR鑒定及相關基因的功能分析,

結合項目背景和科學問題的數據亮點挖掘。





分析內容

MEDIP.png








用心服務每一個項目

已完成人、小鼠、大鼠、豬等多種哺乳動物甲基化DNA免疫沉淀測序分析,

助力客戶在Nature communications, Scientific reports等雜志發表多篇論文。
"專業的技術支持,嚴格的實驗把關,豐富的項目經驗,高效的溝通機制用心服務好每一個項目。



圖片 2.png


甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP)案例展示

案例分析(團隊成員發表)

同卵雙胞胎2型糖尿病易感基因的表觀基因組關聯分析

An integrated epigenomic analysis for type 2 diabetes susceptibility loci in monozygotic twins. Nature communications. 2014; 5: 5719.(IF=11.329)

一、研究背景

2型糖尿病(T2D)是一種高度異質性疾病,通過遺傳易感性和環境的結合引起。全基因組關聯研究(GWAS)已經鑒定出至少65T2D位點,但這僅解釋了T2D疾病易感性的6%。T2D的變異也可能部分通過表觀遺傳效應來解釋,比如DNA甲基化。

二、方法流程

1、取材:27對同卵雙胞胎的全血

    T2D-discordant (n=17),

T2D-concordant (n=3),

對照組non-T2D group (n=7)

2、測序:甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP-Seq)

3、驗證:450K芯片:差異甲基化基因

4、功能:

三、研究結果

1) 在這項研究中,對27對同卵雙胞胎的全血DNA進行了MeDIP-Seq,發現了大量的與2型糖尿病相關基因的差異甲基化區域(DMR),并在隨后的另外一批大量樣本(42T2D221正常對照)的研究中得到了進一步的驗證;

2) 其中MALT1基因啟動子區的甲基化變化,與血液中牛磺膽酸水平的變化直接相關,并涉及到胰島素和血糖代謝相關的信號通路;

3) DNA甲基化組與T2D相關臨床數據的分析結果表明了差異DNA甲基化區域在T2D易感性基因上的相對富集。

四、研究結論

總之,綜合基因組學和表觀基因組學的方法,加上同卵雙胎的病理模型,我們很好地解釋T2D等其他復雜性狀疾病的致病原因,并發現潛在的藥物靶標和生物標記物。


                 
               1. T2D-DMRs在基因組上的分布                                                                           圖2. 基因MALT1DNA甲基化和代謝圖譜


甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP)結果展示

基因組重測序

甲基化DNA免疫沉淀測序(MeDIP)常見問題

基因組重測序

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